Что сделать, чтобы обезопасить себя от физических угроз бывшего сожителя?

Добрый день, Екатерина.

Если вы имеете ввиду установление места жительства ребенка в судебном порядке, то у нас как правило суд оставляет ребенка с матерью. Для иного исхода дела нужны достаточно веские основания. 

«Семейный кодекс Российской Федерации» от 29.12.1995 N 223-ФЗ (ред. от 29.12.2017)Статья 65. Осуществление родительских прав

3. Место жительства детей при раздельном проживании родителей устанавливается соглашением родителей.
При отсутствии соглашения спор между родителями разрешается судом исходя из интересов детей и с учетом мнения детей. При этом суд учитывает привязанность ребенка к каждому из родителей, братьям и сестрам, возраст ребенка, нравственные и иные личные качества родителей, отношения, существующие между каждым из родителей и ребенком, возможность создания ребенку условий для воспитания и развития (род деятельности, режим работы родителей, материальное и семейное положение родителей и другое).
По требованию родителей (одного из них) в порядке, установленном гражданским процессуальным законодательством, и с учетом требований абзаца второго настоящего пункта суд с обязательным участием органа опеки и попечительства вправе определить место жительства детей на период до вступления в законную силу судебного решения об определении их места жительства.

Что касается угроз, то тут только обращение в полицию.